【最新版】中小企業の経営課題ランキングTOP10！最新データ・深層原因・解決策まで徹底解説

中小企業の経営は、いまかつてないほど多面的な課題に直面しています。人材が採れない、既存社員が高齢化している、資金繰りが安定しない、DXが思うように進まない─。どれも単独で解決できる問題ではなく、複数の課題が同時進行で押し寄せる「複合化」が進んでいるのが、2025年の特徴です。

中小企業庁や商工会議所の最新調査でも、「課題が多すぎて、どれから手をつければいいのかわからない」という声が最も多く挙がっています。

経営者に必要なのは、課題の列挙ではなく、
・自社が抱える問題の構造を捉えること
・優先順位を正しく判断すること
・現場と経営をつなぐ組織能力を整えること
の3点です。

この記事では、2025年の最新データをもとに、中小企業が直面する経営課題の全体像と深層原因、そして今日から取り組める実践的な解決策までを体系的に整理します。

さらに、単なる課題紹介ではなく、AI・デジタル化、業務改善、人材育成など、再現性のある経営基盤づくりにつながる視点で解説しています。

もしあなたが、
「結局、何から取り組むべきなのか」
「どこまでを自社でやり、どこから外部支援を使うべきなのか」
と判断に迷っているなら、本記事は確実に役立ちます。

まずは、最新データから経営課題の現在地を見ていきましょう。

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2025年の「中小企業の経営課題」はどう変化しているのか｜最新トレンドと背景

2025年の中小企業を取り巻く環境は、単なる人材不足や資金繰りといった個別課題では捉えきれない状態にあります。経営基盤・市場環境・組織構造・労働力の変化が同時進行しており、課題が複合化して優先順位づけが難しくなっている点が最大の特徴です。ここからは、中小企業庁や商工会議所の最新調査をもとに、いま何が起きているのかを整理していきます。

中小企業庁・商工会議所の最新調査から読み解く5つの変化

2024〜2025年の調査では、企業内部と外部環境の両面で負荷が高まり、経営課題の性質そのものが変化しています。特に次のポイントは、ほぼすべての規模・業種で共通して確認されている横断的な傾向です。

• 労働人口の減少に伴う採用難の固定化
• DX停滞とIT担当不在によるデジタル活用の遅れ
• 物価・エネルギーコスト上昇による利益率の低下
• 現場スキルが特定社員に集中することで生じる属人化問題
• 賃上げ要請や制度改正など外部圧力によって経営資源が分散 

これらは個別に発生するのではなく、複数要因が同時に起きることで改善の難易度を上げている点が重要です。特に「属人化」と「DXの遅れ」は生産性向上を妨げる根本原因として密接に絡み合い、多くの企業で共通課題になっています。

コロナ後〜2025年に強まった課題領域

事業環境がコロナ禍の混乱から落ち着きを取り戻しつつある一方で、経営者の負担はより本質的な課題へシフトしています。慢性的な採用難、意思決定の遅れ、投資判断の先送りなど、企業の成長を支える基盤部分の弱さが露呈しているためです。

また、価格競争の激化によって営業力の差が業績に直結しやすくなり、従来の関係構築型営業だけでは維持できないケースも増えています。

こうした環境変化は、企業に対し「生産性と組織能力を同時に引き上げる取り組み」を求めるようになっており、後述する課題の体系化と優先順位の明確化が不可欠な状態になっています。

2025年版「中小企業の経営課題ランキングTOP10」

2025年の調査では、課題の種類そのものは例年と大きく変わらないものの、複合化と深刻度の増加が顕著です。人材不足・資金繰り・DXの遅れといった伝統的な課題に、物価高・労働力構造の変化・賃上げ圧力が重なり、対応の優先順位がより複雑化しています。ここからは最新データを基に、中小企業の主要課題TOP10を整理していきます。

1位：人材不足・育成力の低下

採用難の長期化と既存社員の高齢化が進み、現場の知識・スキルが特定の個人に依存する属人化が深刻になっています。特に中小製造業では、技能継承の停滞が生産性に直結しており、人がいないだけでなく育てられないという二重構造が課題の本質です。内部リンクで解説している生産性向上の記事も、この領域と強く関連しています。

2位：資金繰りの不安定化・利益率の低下

物価上昇やエネルギーコスト増により利益率が圧迫され、返済負担や投資判断の停滞が続く企業が増えています。キャッシュフローが締まり、「攻めの投資」ではなく「守りの調整」に偏りやすい体質が2025年の特徴です。

3位：DXの遅れ・IT人材の不在

ツール導入は進んでいるものの、業務整理・標準化が追いつかず、活用レベルでつまずくケースが多発しています。背景には、IT担当不在・現場の理解不足・経営の判断遅れの三点セットが存在し、企業規模にかかわらず大きなハードルになっています。

4位：営業力不足・価格競争の激化

関係性営業に依存していた企業ほど影響が大きく、データを用いた提案力強化や顧客開拓の仕組み化が急務です。2025年は特に、短期的な値上げ対応の巧拙が明暗を分ける傾向が強く、営業の属人化が限界に達しつつある点が見逃せません。

5位：後継者不在・事業承継の遅れ

経営者の高齢化が続く中、承継準備は先送りされる傾向が強く、組織文化・顧客知識・技術資産の継承が停滞しています。「引き継ぐ人がいない」と「引き継げる状態にない」の二重問題が明確になっています。

6位：従業員の定着率低下・エンゲージメント不足

採用が難しい中で離職が増えると、負荷が一気に現場へ集中します。評価制度の形骸化やキャリアパス不透明さが離職理由となることが多く、辞めさせない仕組みづくりが年々重要度を増しています。

7位：生産性の停滞・業務の非効率化

業務のムダや手戻り、基幹業務の属人化が改善されず、成長投資の原資となる余力が生まれにくい構造が続いています。

• 業務フローが整理されていない
• 標準化・可視化が不十分
• 過去の慣習がそのまま残る 

といった根本原因が挙がっており、この領域はDXとも密接に関連しています。

8位：法改正対応・コンプライアンスリスクの増大

労働時間管理、賃上げ、インボイス制度、電子帳簿保存法など、制度対応が増える一方、リソース不足で後手に回りやすくなっています。特に2025年は制度対応の遅れが直接的なコスト増につながる傾向がより強くなっています。

9位：新規顧客開拓・販路拡大の停滞

既存顧客依存のまま市場変化に対応できず、売上の伸び悩みや価格競争への巻き込まれが加速しています。営業×デジタルの掛け合わせが弱い企業ほど、横展開できない営業活動がボトルネックとして残る状態です。

10位：組織力の弱さ・意思決定の遅れ

経営と現場の情報のギャップ、意思決定プロセスの属人化、ミドル層の育成不足など、人と仕組みが噛み合わない構造が多くの課題の最終原因になっています。ここが弱い企業は、DX・営業改革・採用強化などの施策が定着しにくく、結果として課題が堂々巡りになります。

経営課題を4象限で整理する｜AI経営総合研究所オリジナルの体系化フレーム

ここまで見てきたTOP10の課題は、それぞれ独立しているように見えて、実際は組織構造・人材・財務・事業基盤が相互に影響し合う複合型の問題です。課題を列挙するだけでは優先順位がつけられず、対策も断片化しやすくなるため、自社の状況を俯瞰できる整理の型が必要になります。AI経営総合研究所では、中小企業の経営課題をより正確に把握し、取り組む順序を明確にするために、独自の「4象限フレーム」で体系化しています。

人的資源：採用・育成・定着の基盤

採用難の長期化、スキル格差の拡大、キャリアパス不透明さなど、人材をめぐる課題は企業成長の根幹に直結します。特に2025年は、既存社員への負荷集中や属人化が深刻化しており、「採用できない」ではなく「育てられない」ことが競争力を左右する時代になっています。人的資源の課題は、後述する組織力の問題とも密接に連動します。

財務基盤：資金繰り・投資判断の停滞

物価高や金利変動、エネルギーコスト上昇などにより、財務状況が圧迫されやすい環境が続いています。利益率が低下すると、攻めの投資ができず、事業成長の循環が止まりやすくなります。財務基盤が揺らぐと、採用・DX・営業強化といった他の施策にも影響が広がり、「手を打つ前に悪化する」負のスパイラルに陥りやすくなる点が特徴です。

事業基盤：営業・顧客・商品力の弱体化

顧客依存の偏り、営業の属人化、新規顧客開拓の停滞など、事業面の課題は売上の安定性と直結します。特に2025年は、価格競争の激化や提案力の差が業績に影響を与える場面が増加しており、顧客に選ばれる理由づくりが企業規模に関わらず問われている状況です。DXとも関係が深く、データ活用が弱い企業ほど改善スピードが遅れます。

組織・変革力：仕組み化と意思決定の遅れ

多くの経営課題の最終原因がこの領域に集約されます。現場と経営の情報連携が弱い、意思決定が属人的、業務が標準化されていないなど、人と仕組みが噛み合わない構造が改革のボトルネックになります。この象限が弱いと、採用・DX・営業強化などの施策が定着しにくく、改善の再現性が担保されません。

次のパートでは、この4象限を踏まえたうえで「なぜ課題が解決しづらいのか」という深層原因を整理し、実務に落とし込む際の優先度設計につなげていきます。

深層原因｜中小企業の課題はなぜ解決しづらいのか（構造的な壁）

多くの中小企業が同じ課題に直面しているにもかかわらず、改善が進まない背景には、表面的な要因ではなく構造的な障害が存在します。人材・財務・DX・営業といった個別のテーマをいくら改善しようとしても成果につながらないのは、根本となる仕組みや組織構造の問題がそのまま残っているためです。ここでは、主要な深層原因を4つに整理し、次章の「優先順位のつけ方」につながる視点を明確にしていきます。

IT担当不在と属人化が生む改善の止まりやすさ

DXが進まない最大の理由は、単にITに詳しい人がいないという問題に留まりません。

• 業務が特定の社員に依存しており、現状整理ができない
• ツール導入後の運用ルールが決まらず定着しない
• 現場の声を吸い上げる仕組みがなく、経営との温度差が生まれる 

こうした属人化構造が残っている企業では、改善プロジェクトそのものが動き出さず、「進めたいのに動かない」状態が慢性化します。IT担当不在は症状であり、真の原因は業務のブラックボックス化にあります。

現場と経営の情報ギャップによる意思決定の遅れ

課題が複雑化しているにもかかわらず、現場と経営の視点が一致していない企業では、意思決定が遅れがちになります。現場は「忙しくて改善の時間がない」と感じ、経営は「何から取り組むべきか判断できないまま時間が過ぎる」という構図が生まれます。重要なのは、情報の質と量が足りていないと意思決定そのものが機能しなくなるという点です。どれだけ実行力がある企業でも、情報が届いていなければ改善サイクルは回りません。

改善を回す仕組みと人材が不足している

多くの企業は、改善がプロジェクト単位で終わってしまい、日常的に継続されない点が共通しています。これは仕組みの有無だけではなく、改善サイクルを回せる人材が育っていないことも原因の一つです。標準化・可視化・振り返りといった改善スキルが現場に根付いていないと、施策が一過性で終わり、再現性が担保できません。

投資判断が遅れる意思決定プロセスの硬直化

市場変化が速いなか、設備投資・DX投資・人材投資などの判断が後手に回り、機会損失が発生しやすくなっています。背景には、判断材料が揃わないまま、「失敗したくない」心理が意思決定を鈍らせる構造があります。結果として、競合が一歩先に進み、改善が追いつかない状態が続きます。

次のパートでは、こうした深層原因を踏まえながら、実務レベルで迷いやすい「では何から取り組むべきか」という優先順位の決め方に進み、短期・中期・長期で整理した着手ポイントを示していきます。

では、何から取り組むべきか？｜優先度のつけ方（意思決定フレーム）

課題が複合化しているほど、「何から着手すべきか」が判断しづらくなります。個別の問題を並べても、根本原因が絡み合っているため、優先順位が曖昧なまま時間だけが過ぎてしまうケースは少なくありません。ここでは、前章で整理した深層原因を踏まえ、短期・中期・長期の3つの視点から優先順位を決めるための実務的なフレームを提示します。経営者が迷いやすい緊急性と重要性のバランスを整理し、自社に適した取り組み順を判断しやすくします。

短期（3〜6ヶ月）で改善できる領域

短期間で効果が出やすい領域は、現場の停滞をほぐし、改善の土台を作る役割を持ちます。特に次のようなアクションは、3〜6ヶ月で成果が見えやすく、複雑化した課題全体を前に進める起点になります。

• 業務の可視化・棚卸し（属人化の把握）
• 標準化しやすいプロセスの整備
• 現場の負荷を軽減する業務改善（ムダの削減）
• 生産性の底上げに直結する小さな改善の積み上げ 

短期改善の目的は、改善が動く状態をつくることです。ここを疎かにすると、中期・長期の取り組みが進みません。

中期（1〜3年）で改善する領域

中期で取り組むべき領域は、企業の競争力と収益構造に直結するテーマです。採用・営業・DXなどは短期で形になりにくいため、1〜3年のスパンで改善計画を立てる必要があります。中期改善の中心となる領域は以下の通りです。

• 採用戦略と育成体系の再構築
• 営業プロセスの整備とデータ活用
• DX基盤の再設計（現場×経営の連携強化）
• 収益モデルの見直しと新規顧客開拓 

この期間は、単なる改善ではなく組織能力の底上げが主眼になります。ここで投資判断が遅れると、競合との差は確実に広がります。

長期（3〜5年）で取り組む領域

長期領域は、企業の未来の安定性を左右するテーマです。後継者育成や経営システム整備などは短期では結果が出にくいため、長期計画として位置づける必要があります。

• 事業承継・後継者育成の計画化
• 組織文化の再構築（理念・価値観の浸透）
• 中長期の事業ポートフォリオ設計
• 判断基準や会議体の高度化（経営システム整備） 

特に事業承継は、準備が1〜2年遅れるだけで企業価値が大幅に失われる可能性があり、早期の着手が効果を大きく左右します。

即効性と重要度で優先順位を整理する

短期・中期・長期を整理したうえで、最終的に優先順位を決める基準となるのが即効性 × 重要度の視点です。改善による影響度が大きい領域を最優先にし、短期的に動かしやすい領域から着手することで、改善サイクルが止まらず継続しやすくなります。ここで整理した優先順位設計は、次章の「実践的な5つのアプローチ」を実行する際の土台になります。

中小企業の経営課題を解決する実践的な5つのアプローチ

経営課題の多くは単発の施策で解決しません。重要なのは、現場・組織・仕組みを連動させながら改善を積み上げることです。

ここでは4象限と優先順位設計を踏まえつつ、事例を使わずに再現性が高い原理原則として整理した5つのアプローチを紹介します。どれも中小企業が実務で取り組みやすい内容であり、短期〜長期の改善ロードマップに自然に組み込めるものです。

① 現場の属人化を減らす「標準化・可視化」

業務のブラックボックス化を解消するためには、まず現場の作業内容・判断基準・例外対応を整理し、誰でも理解できる形に整えることが不可欠です。特に標準化は、生産性向上の基盤であり、DX推進や人材育成にも直結します。

可視化が進むと、改善ポイントが明確になり、現場の負荷分散や教育の効率化にもつながります。内部リンクとして紹介した生産性向上の記事は、この領域との親和性が非常に高いテーマです。

② 人材不足を補う育成戦略の再設計

採用難が続くなか、企業が競争力を維持するためには既存社員を計画的に育てる体制が必要です。育成戦略は単なる研修の導入ではなく、役割ごとの必要スキル・教育プロセス・評価基準を一貫させる仕組みとして設計することが重要です。

育成が機能すると、離職防止・技術継承・組織の底上げに効果が波及し、企業の持続力が高まります。

③ デジタル活用で業務を仕組み化する

DXを成功させるためには、ツール導入前に業務整理と標準化が欠かせません。現場の負荷軽減や業務効率化を目的にしながら、経営と現場が同じデータを見る環境を整えることで、意思決定のスピードと正確性が向上します。

特に2025年は、AI活用による改善余地が広がっており、人ではなく仕組みに仕事を任せる方向への投資が成果を大きく左右します。

④ 営業力強化のためのデータ活用とフロー化

営業活動が属人的になっている企業では、提案内容・顧客管理・フォロー基準が担当者によってバラバラになりがちです。これを改善するためには、営業プロセスをフロー化し、営業データを組織で共有・分析できる状態に整えることが必要です。データ活用が進むと、受注率向上や顧客理解の深化に加え、短期的な値上げ対応や顧客戦略の最適化にもつながります。

⑤ 経営と現場をつなぐ「情報統合」と意思決定の高速化

多くの企業で見られる課題が、現場の情報が経営に届かず、判断が遅れる構造です。会議体の見直し、情報共有の仕組み化、判断基準の明確化など、判断の質とスピードを高める仕組みを整えることで、改善サイクルが途切れず回り続ける状態をつくれます。

組織力が高い企業ほど、現場と経営が同じ方向を向き、施策の定着率が大きく向上します。

次のパートでは、外部支援・補助金・研修といった外部リソースをどう選ぶべきかを整理し、自社に合った支援の使い方と、施策が定着するための適切な判断軸をわかりやすく解説します。

外部支援・補助金・研修をどう使うか｜自社に合う支援策の選び方

中小企業が複合的な課題を改善する際、すべてを自社だけで解決しようとすると負荷が高く、改善サイクルが進まなくなるリスクがあります。

設備投資・制度対応・DX・育成など、領域ごとに求められる専門性が異なるため、外部リソースを適切に組み合わせることが成果の安定性を高める鍵になります。ここでは「コンサル」「補助金」「研修」という3つの代表的な支援策について、自社に向いているケースをわかりやすく整理していきます。

外部コンサルが向く企業

改善したい領域が広く、現状整理から戦略策定まで一気通貫で支援を求めている企業には、外部コンサルが向いています。現場調査・課題の構造分析・改善プランの作成など、ゼロから体系化するプロセスを伴う場面で特に効果を発揮します。

また、経営者と現場の視点のズレを埋める役割も担えるため、判断材料が不足している企業に適しています。

補助金・公的支援が向く企業

設備投資やDX導入、業務改善の一部を支援する補助金は、財務負担を抑えつつ改善を進めたい企業に向いています。ただし、申請作業や要件確認には手間がかかるため、明確な投資テーマが決まっているケースほど効果的です。公的支援は制度変更が多いため、最新情報の把握が成功率を左右します。

研修が向く企業（最も広く適応する領域）

育成体系の整備、DX推進の基盤づくり、営業力強化など、組織全体の底上げが必要な企業には研修が最も適しています。特に、改善を継続するための人材育成が追いついていない企業では、研修によってスキル格差が解消され、施策の定着率が大幅に向上します。属人化や情報共有不足といった深層原因の多くは、人材育成を通じて改善されるため、研修導入は課題の根本にアプローチできる手段といえます。

次のパートでは、SHIFT AI for Biz（法人研修）がどのように組織課題の解決に寄与するのかを整理し、研修の活用が改善サイクルの安定化にどう結びつくのかを具体的に解説していきます。

SHIFT AI for Bizで解決できる組織課題

外部支援の中でも「研修」が最も広く効果を発揮する理由は、課題の深層にある人と仕組みの噛み合わせを直接改善できる点にあります。中小企業で繰り返し発生する問題の多くは、属人化・情報不足・判断の遅れといった組織構造に由来しており、これは単発の施策では改善しづらい領域です。

SHIFT AI for Bizでは、こうした構造的課題に対して、企業ごとの現状に合わせた育成プログラムを設計し、再現性のある改善サイクルを組織に根づかせます。

育成できるテーマ（AI活用／DX／営業／業務改善）

SHIFT AI for Bizの大きな特徴は、単なるスキル習得にとどまらず、組織全体が同じ判断基準で動ける状態をつくる点にあります。

AI活用、DX基盤づくり、営業プロセス改善、業務改善など、企業が直面する課題領域に応じたテーマを選択でき、実務に直結する内容で構成されています。現場と経営の双方が同じ方向を向けるようになることで、施策の定着率が大きく向上します。

研修が経営課題の根本解決に効く理由

研修というと「一時的な学習」というイメージを持たれがちですが、実際には組織の基盤を強化するための仕組みづくりに近い性質を持っています。特にSHIFT AI for Bizでは、

• 課題の構造把握
• 必要スキルの言語化
• 実務プロセスへの落とし込み
• 日々の改善サイクルの設計 

までを一貫して行うため、学んだだけで終わらない組織改革が実現できます。この一貫性が、属人化・判断遅れ・情報断絶といった深層原因の解消につながる大きなポイントです。

無料相談・プログラム設計のご案内

SHIFT AI for Bizでは、企業ごとの現場状況や組織課題に合わせ、最適な研修テーマとロードマップを無料で設計できます。育成体系を整えたい、改善が進まない原因を整理したい、DXやAI活用を推進したいといった相談にも対応しており、経営と現場の両面から改善基盤を整える支援が可能です。

まとめ｜2025年の経営課題は複合化へ。体系化と組織能力づくりが競争力を左右する

2025年の中小企業を取り巻く環境は、人材不足・DXの遅れ・資金繰り・営業課題といった従来のテーマが個別に発生するのではなく、複数の課題が相互に影響し合う複合型へと移行しています。

この状態では、課題を並べただけでは優先順位が定まらず、対策も断片化しやすくなります。必要なのは、課題の全体像を体系的に整理し、短期・中期・長期の視点から改善ロードマップを描くことです。

本記事で紹介した4象限フレームや優先順位設計、実践的アプローチは、いずれも組織全体の底上げにつながる再現性のある改善を行うための基盤です。業務の標準化や人材育成が進むと、DX・営業改革・生産性向上といった施策が定着しやすくなり、企業が抱える深層課題の多くが解消されていきます。

逆に、組織能力の基盤が弱いままでは、どれだけ優れた施策を導入しても成果が安定しづらい状況が続いてしまいます。

SHIFT AI for Bizでは、こうした組織課題に対して、企業ごとの状況に合わせた研修設計を通じ、学習に終わらない組織改革を支援しています。属人化の解消、DX推進の基盤づくり、意思決定の高速化、営業力強化など、幅広い領域に対して実践的なプログラムを提供し、改善サイクルが止まらず回り続ける組織づくりを後押しします。

中小企業の経営課題に関するよくある質問（FAQ）

中小企業の経営課題は複数の要素が絡み合っているため、「何から取り組めばいいのか」「どの改善策が自社に合っているのか」と迷いやすい領域です。ここでは、読者が検索段階で抱えやすい疑問を整理し、意思決定の手助けになる形で回答します。施策の選択や優先順位づけに迷っている経営者にとって、現実的な判断軸として活用できる内容です。